為落實國務院醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革重點工作任務,，逐步提高農(nóng)村居民重大疾病醫(yī)療保障水平，2012年9月6日云南省衛(wèi)生廳印發(fā)：《云南省12種重大疾病按病種付費試點工作實施方案（試行）》,，《實施方案（試行）》本著逐步擴大重大疾病病種范圍，實行分級救治,，病種定額付費,，提高農(nóng)村居民醫(yī)療保障水平，確定將肺癌,、食道癌,、胃癌、結(jié)腸癌,、直腸癌,、慢性粒細胞性白血病、急性心肌梗塞,、腦梗死,、血友病、I型糖尿病,、甲亢,、唇腭裂等12種重大疾病納入按病種付費試點工作，從2012年9月1日開始執(zhí)行,。《實施方案（試行）》根據(jù)衛(wèi)生部臨床路徑和診療規(guī)范及我省近年醫(yī)藥費用水平,，分類測算，合理確定省級定點救治醫(yī)院各重大疾病醫(yī)藥費用的定額支付標準,，要求各州市參照省級定點救治醫(yī)院定額支付標準和當?shù)厍叭暝摬》N費用情況,，制定本州（市）、縣（市,、區(qū)）定點救治醫(yī)院定額支付標準,，統(tǒng)籌地區(qū)內(nèi)縣（市,、區(qū)）根據(jù)資金結(jié)余情況,，可適當提高在州（市）和縣（市、區(qū)）定點救治醫(yī)院住院治療的補償比例。患者按病種定額支付標準的30%支付自付金額,，新農(nóng)合管理部門對在定點救治醫(yī)院重大疾病患者全程住院醫(yī)藥費用按定額支付標準的70%定額支付,，不設(shè)起付線，超出定額支付標準的費用由定點醫(yī)院自行承擔,。

《實施方案（試行）》同時規(guī)定：因自動出院,、轉(zhuǎn)科、轉(zhuǎn)院,、死亡等特殊原因,，重大疾病患者中途退出主要治療且醫(yī)藥費用未達到定額支付標準的50%或住院天數(shù)小于等于該病種平均住院天數(shù)的一半，按實際發(fā)生的住院醫(yī)藥費用,，按新農(nóng)合統(tǒng)籌補償方案規(guī)定結(jié)算,。符合醫(yī)療救助條件的，醫(yī)療救助再按比例支付,。如患者住院期間發(fā)生重大并發(fā)癥,，治療費用超過包干費用的200%，經(jīng)與當?shù)睾瞎苻k協(xié)商,，超出定額部分按當?shù)匦罗r(nóng)合補償政策補償,。慢性粒細胞性白血病患者可在指定的省級定點醫(yī)療機構(gòu)門診開展口服伊馬替尼（商品名：格列衛(wèi)）或尼洛替尼（商品名：達希納）治療，并參與由上海諾華貿(mào)易有限公司和中華慈善總會開展的“格列衛(wèi)/達希納患者援助項目（GIPAP/TIPAP）共助計劃”,。唇腭裂等有援助項目支持的重大疾病,，先由援助項目減免后，剩余醫(yī)藥費用再按照定點救治醫(yī)院定額支付標準進行補償支付,。

在就診方面規(guī)定：重大疾病原則上應在有條件和能力救治的縣（市,、區(qū)）級定點救治醫(yī)院就診，縣（市）級定點救治醫(yī)院無條件救治的可申請轉(zhuǎn)診至州（市）級或省級定點救治醫(yī)院治療,。重大疾病未經(jīng)轉(zhuǎn)診審批到上級定點救治醫(yī)院就診按原補償方案執(zhí)行,。重大疾病患者攜帶參合證、身份證（或戶口簿）,、轉(zhuǎn)診審批表（統(tǒng)籌區(qū)域內(nèi)除外）等到定點救治醫(yī)院就診,，定點救治醫(yī)院審查患者參合信息，對確診為按病種付費范圍的重大疾病患者,，開具入院通知單,，標注“新農(nóng)合重大疾病”，按重大疾病類別進行管理,。重大疾病患者入院時,，按該病種定額支付標準的30%預交住院費用。重大疾病患者出院時,，按該病種定額支付標準的30%結(jié)清個人自付費用,。重大疾病患者介入或外科手術(shù)救治，按照相關(guān)臨床路徑和診療操作規(guī)范使用藥物和診療項目，不受我省新農(nóng)合報銷藥品目錄和診療項目目錄的限制,。